Le cryptomeria est l'un des arbres les plus emblématiques du Japon, où il est cultivé depuis des siècles. Les documents historiques font état de son utilisation dans la construction de temples, de sanctuaires et d'habitations traditionnelles, en raison de sa solidité et de sa durabilité. Certains des plus anciens bâtiments en bois du monde, comme les temples bouddhistes, ont été construits avec ce bois. Au Japon, certains cryptomérias ont des milliers d'années et sont considérés comme sacrés, comme le célèbre Jomon Sugi sur l'île de Yakushima, dont l'âge est estimé entre 2 000 et 7 000 ans.
Il a été introduit aux Açores au XIXe siècle, où il a trouvé des conditions idéales pour sa croissance, devenant l'espèce forestière la plus importante de l'archipel. Sa croissance rapide et son adaptation aux sols volcaniques et humides l'ont rendu essentiel pour la production de bois et la protection des sols contre l'érosion.